Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 sẽ chính thức có hiệu lực thi hành với một số quy định mới so với Luật Thuế giá trị gia tăng 2008. Trong đó, một trong những điểm đáng chú ý nhất đó là bãi bỏ quy định miễn kê khai, tính thuế GTGT đối với nông sản chưa qua chế biến ở khâu thương mại.
Cụ thể, tại khoản 5 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC được điều chỉnh bởi Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 quy định các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, trong đó có trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Tuy nhiên, Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 đã bỏ quy định miễn kê khai, tính nộp thuế đối với nông sản chưa qua chế biến ở khâu thương mại, kể cả doanh nghiệp chỉ mua đi – bán lại các loại nông sản thô cũng đều phải kê khai, tính và nộp thuế GTGT 5%, không phân biệt là bán buôn cho thương nhân hay bán lẻ cho người tiêu dùng cuối cùng.
1. Nguyên nhân cốt lõi

1.1 Làm rõ trách nhiệm kê khai
Trước đây, doanh nghiệp bán nông sản chưa qua chế biến cho tổ chức kinh doanh thì không phải kê khai, tính thuế, nhưng nếu bán cho người tiêu dùng cuối cùng thì phải nộp thuế 5%.
→ Việc này tạo ra vùng chính sách phức tạp, dễ gây nhầm lẫn và lách luật → Dù không phải tính thuế đầu ra nhưng doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
→ Điều này đi ngược với nguyên tắc của thuế GTGT – có nghĩa là chỉ cho khấu trừ thuế GTGT khi có phát sinh đầu ra tương ứng.
=> Việc xóa bỏ cơ chế “không kê khai nhưng vẫn khấu trừ” là cần thiết, để đảm bảo tính trung lập và nhất quán của sắc thuế này.
1.2 Vẫn được khấu trừ thuế đầu vào nhưng không bị tăng chi phí thuế
Theo đó, doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào như bình thường nếu có hóa đơn, chứng từ hợp lệ, thuế GTGT 5% đầu ra sẽ được bù trừ với phần thuế đầu vào tương ứng.
→ Sự thay đổi này sẽ không làm tăng chi phí thuế đối với doanh nghiệp nếu thực hiện đúng quy trình vì thuế GTGT là loại thuế gián thu, đánh vào người tiêu dùng cuối cùng, doanh nghiệp chỉ đóng vai trò trung gian thu hộ nộp hộ.
1.3 Ngăn chặn gian lận trong hoạt động thương mại
Thực tế, một số doanh nghiệp lợi dụng quy định “không phải kê khai, tính thuế” để mua vào nông sản không hóa đơn, sau đó bán ra bằng hình thức miễn kê khai, nhằm tránh nộp thuế, tạo ra dòng tiền không minh bạch. Nhiều trường hợp còn kê khai hoàn thuế đầu vào trong khi đầu ra không phát sinh tương ứng.
→ Quy định mới tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 sẽ ngăn chặn “lỗ hổng” này, góp phần chống thất thu ngân sách và làm minh bạch thị trường nông sản.
1.4 Đảm bảo công bằng trong chuỗi cung ứng
Nếu trong khâu sản xuất, chế biến nông sản đã phải nộp thuế thì khâu thương mại lại được miễn thuế → sẽ tạo ra sự thiếu công bằng về nghĩa vụ thuế. Trong khi thực chất, hoạt động thương mại cũng tạo ra giá trị tăng thêm thông qua vận chuyển, lưu kho, tài chính, phân phối…
=> Áp thuế GTGT 5% ở khâu thương mại sẽ đảm bảo là mọi phần GTGT trong chuỗi cung ứng đều được quản lý trong hệ thống thuế.
1.5 Quản lý thuế trở nên dễ dàng, minh bạch
Một hệ thống thuế hiện đại cần đảm bảo tính rõ ràng, thống nhất, dễ hiểu và dễ kiểm soát. Những quy định như “không phải kê khai, tính thuế trong một số điều kiện” thường tạo ra sự nhầm lẫn và khó khăn trong việc thực thi, nhất là ở các vùng nông thôn, nơi trình độ kế toán – thuế còn hạn chế.
Việc quy định rõ ràng nông sản chịu thuế GTGT 5% tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 sẽ giúp việc quản lý thuế trở nên dễ kiểm soát, dễ dàng, minh bạch, loại bỏ các ngoại lệ gây hiểu lầm và tạo điều kiện cho cơ quan thuế thực hiện quản lý hiệu quả hơn.
2. Mức thuế suất 5% áp dụng đối với những loại hàng hóa, dịch vụ nào?

Theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 thì các hàng hóa, dịch vụ sau đây áp dụng mức thuế suất 5%:
– Nước sạch phục vụ sản xuất và sinh hoạt không bao gồm các loại nước uống đóng chai, đóng bình và các loại nước giải khát khác;
– Phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi theo quy định của pháp luật;
– Dịch vụ đào đắp, nạo vét kênh, mương, ao hồ phục vụ sản xuất nông nghiệp; nuôi trồng, chăm sóc, phòng trừ sâu bệnh cho cây trồng; sơ chế, bảo quản sản phẩm nông nghiệp;
– Sản phẩm cây trồng, rừng trồng (trừ gỗ, măng), chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, trừ sản phẩm quy định tại khoản 1 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024;
– Mủ cao su dạng mủ cờ rếp, mủ tờ, mủ bún, mủ cốm; lưới, dây giềng và sợi để đan lưới đánh cá;
– Sản phẩm bằng đay, cói, tre, nứa, lá, rơm, vỏ dừa, sọ dừa, bèo tây và các sản phẩm thủ công khác sản xuất bằng nguyên liệu tận dụng từ nông nghiệp; xơ bông đã qua chải thô, chải kỹ; giấy in báo;
– Tàu khai thác thủy sản tại vùng biển; máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp theo quy định của Chính phủ;
– Thiết bị y tế theo quy định của pháp luật về quản lý thiết bị y tế; thuốc phòng bệnh, chữa bệnh; dược chất, dược liệu là nguyên liệu sản xuất thuốc chữa bệnh, thuốc phòng bệnh;
-Thiết bị dùng để giảng dạy và học tập bao gồm: các loại mô hình, hình vẽ, bảng, phấn, thước, com-pa;
– Hoạt động nghệ thuật biểu diễn truyền thống, dân gian;
– Đồ chơi cho trẻ em; sách các loại, trừ sách quy định tại khoản 15 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024;
– Dịch vụ khoa học, công nghệ theo quy định của Luật Khoa học và công nghệ 2013;
– Bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở 2023.
Xem các nội dung khác
Các kênh khác của Kế toán AZ: Facebook | YouTube | Cộng đồng Kế toán