Thuế giá trị gia tăng là sắc thuế gián thu được thiết kế theo phương pháp khấu trừ, trong đó số thuế GTGT mà doanh nghiệp phải nộp được xác định trên cơ sở thuế GTGT đầu ra sau khi trừ số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ. Cơ chế này nhằm bảo đảm thuế GTGT thực chất được thu trên phần giá trị tăng thêm ở từng khâu của quá trình sản xuất, kinh doanh.
Trong một số trường hợp, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết và đáp ứng các điều kiện hoàn thuế theo quy định thì doanh nghiệp được đề nghị hoàn số thuế này. Vì vậy, hoàn thuế GTGT không phải là một cơ chế hỗ trợ tài chính đơn thuần mà là cơ chế thực hiện quyền khấu trừ thuế trong những trường hợp pháp luật cho phép hoàn trả số thuế đầu vào chưa được khấu trừ.
1. Quản lý rủi ro trong hoàn thuế
Quản lý rủi ro là một trong những nguyên tắc quan trọng của quản lý thuế. Thay vì kiểm tra toàn bộ người nộp thuế cùng một cách thức, cơ quan thuế sử dụng thông tin, dữ liệu và các tiêu chí rủi ro để xác định người nộp thuế, hồ sơ hoặc giao dịch cần kiểm tra.
Căn cứ theo Điều 33 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 quy định:
“1. Cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý về đăng ký thuế, khai thuế, khoản thu khác, nộp thuế, khoản thu khác, nợ thuế, khoản thu khác, hoàn thuế, khoản thu khác, kiểm tra thuế, quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ và các hoạt động nghiệp vụ khác.
2. Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro để quyết định kiểm tra thuế trong thực hiện thủ tục hải quan và các hoạt động nghiệp vụ khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh theo quy định của pháp luật về hải quan.
3. Quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ quản lý thuế bao gồm việc thu thập, xử lý thông tin về thuế; xây dựng tiêu chí và tổ chức đánh giá, phân loại mức độ rủi ro trong hoạt động quản lý thuế; tổ chức thực hiện các biện pháp quản lý thuế phù hợp.
4. Cơ quan quản lý thuế ứng dụng Hệ thống thông tin quản lý thuế để tích hợp, xử lý dữ liệu phục vụ việc áp dụng quản lý rủi ro và tự động hóa trong hoạt động nghiệp vụ quản lý thuế.
5. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định các nội dung sau: tiêu chí đánh giá, phân loại mức độ rủi ro và việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ quản lý thuế”.
Do đó, trong quá trình giải quyết hoàn thuế, cơ quan thuế có thể sử dụng cảnh báo để lựa chọn nội dung cần kiểm tra, nhưng khi đưa ra kết luận cuối cùng phải quay trở lại xem xét giao dịch thực tế, hóa đơn, chứng từ và các điều kiện hoàn thuế mà pháp luật quy định.
2. Khi chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, việc xử lý phải gắn với phần tiền và nội dung có rủi ro
Vấn đề thực tế phát sinh là doanh nghiệp đề nghị hoàn một khoản tiền lớn nhưng chỉ một số giao dịch hoặc một phần số tiền có dấu hiệu cần xác minh.
Căn cứ điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định:
“c) Hồ sơ hoàn thuế hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế”.
Cùng với điểm c.2 khoản 1 Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định:
“c.2) Một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:
c.2.1) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;
c.2.2) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;
c.2.3) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;
c.2.4) Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học”.
Như vậy, rủi ro cao là căn cứ để kiểm tra, không phải kết luận khoản thuế không được hoàn. Cơ quan thuế chỉ xác định không hoàn hoặc thu hồi khi có kết quả kiểm tra, xác minh chứng minh khoản thuế không đáp ứng điều kiện theo quy định.
3. Rủi ro trong chuỗi cung ứng cần được xác minh trên giao dịch thực tế, không tự động làm phát sinh trách nhiệm của doanh nghiệp mua hàng
Một đặc điểm của các vụ việc hoàn thuế hiện nay là cơ quan thuế không chỉ xem xét người bán trực tiếp mà còn có thể rà soát các chủ thể ở những tầng sâu hơn trong chuỗi cung ứng.
Trong đó, F1 là người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho doanh nghiệp. F2, F3 là các chủ thể đứng trước đó trong chuỗi giao dịch.
Thông tin về F2 hoặc F3 có thể có giá trị trong công tác quản lý rủi ro. Chẳng hạn như một chủ thể trong chuỗi có dấu hiệu sử dụng hóa đơn bất thường, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, ngừng hoạt động hoặc có những thông tin bất thường khác.
Như vậy, việc rà soát chuỗi cung ứng có ý nghĩa truy tìm và kiểm chứng dòng giao dịch, chứ không phải tạo ra cơ chế “trách nhiệm liên đới tự động” về thuế giữa tất cả các doanh nghiệp trong chuỗi.
Cơ quan thuế cần tập trung vào tính chất thực tế như:
- Hàng nhập kho hoặc đưa vào sản xuất như thế nào?
- Hóa đơn có phù hợp với giao dịch không?
- Doanh nghiệp có thực sự mua hàng không?
- Hàng được giao nhận bằng phương thức nào?
- Thanh toán cho ai?
4. Việc người bán chưa kê khai, chưa nộp thuế GTGT không còn là điều kiện độc lập để bác quyền hoàn thuế của bên mua
Căn cứ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 quy định một điều kiện liên quan đến việc người bán kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở đề nghị hoàn thuế.
Tuy nhiên, sau đó khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15. Quy định sửa đổi có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.
Từ ngày 01/01/2026, việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT không còn là một điều kiện độc lập để kết luận bên mua không đủ điều kiện hoàn thuế.
Thứ nhất, về điều kiện hoàn thuế, đây không còn là điều kiện độc lập của bên mua.
Thứ hai, về quản lý rủi ro, thông tin người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế vẫn có thể bị cơ quan thuế sử dụng cùng các dữ liệu khác để đánh giá rủi ro.
Ví dụ, khi nhà cung cấp của doanh nghiệp chưa kê khai hóa đơn đầu ra, cơ quan thuế có thể sẽ sử dụng thông tin này để yêu cầu rà soát giao dịch. Nhưng muốn kết luận doanh nghiệp mua hàng không đủ điều kiện hoàn thuế còn phải xem xét nhiều yếu tố khác.
5. Việc thu hồi số thuế đã hoàn phải dựa trên kết quả xác định doanh nghiệp không đủ điều kiện hoặc có vi phạm
Cần phân biệt rủi ro trước khi hoàn và căn cứ thu hồi sau khi đã hoàn. Trước khi hoàn, thông tin rủi ro có thể được sử dụng để lựa chọn nội dung cần kiểm tra, xác minh. Nhưng sau khi thuế đã được hoàn, không thể chỉ dựa vào việc người bán hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng phát sinh rủi ro sau đó thu hồi số thuế đã hoàn.
Việc thu hồi phải dựa vào kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền, xác định doanh nghiệp không đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế, giao dịch không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc có hành vi vi phạm. Vì vậy, nếu tại thời điểm hoàn thuế doanh nghiệp có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch thực tế và đáp ứng đủ điều kiện hoàn, thì việc nhà cung cấp sau đó ngừng hoạt động, giải thể hoặc phát sinh rủi ro sẽ không làm mất quyền hoàn thuế của doanh nghiệp.
6. Liên hệ đến công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/09/2026
Thứ nhất, Công văn 6936/CT-QLTT yêu cầu phân biệt thông tin, cảnh báo rủi ro, kết quả hệ thống xác định hồ sơ hoặc một phần tiền hoàn có rủi ro và kết quả kiểm tra, xác minh xác định người nộp thuế không đủ điều kiện hoàn hoặc có vi phạm. Theo đó, cảnh báo liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng chỉ là dữ liệu đánh giá, phân loại và lựa chọn nội dung cần xác minh.
Thứ hai, đối với hồ sơ hoàn thuế mà chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, Công văn 6936/CT-QLTT yêu cầu chỉ xử lý phần rủi ro theo diện kiểm tra trước hoàn, phần còn lại tiếp tục được giải quyết theo trình tự hoàn thuế trước nếu đáp ứng đủ điều kiện yêu cầu.
Thứ ba, đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thì cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra theo quy định của pháp luật và xác định số tiền đủ điều kiện hoàn, số tiền không được hoàn và số tiền chưa đủ điều kiện hoàn, thay vì chỉ đưa ra kết luận chung cho bộ hồ sơ.
Thứ tư, dấu hiệu người bán có cảnh báo về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động được sử dụng cho mục đích quản lý rủi ro và xác minh. Không được tự coi đó là một căn cứ độc lập để thu hồi số thuế đã hoàn và việc người bán chưa kê khai, chưa nộp thuế GTGT không còn là điều kiện độc lập để xác định bên mua không được hoàn thuế đối với các kỳ thuộc phạm vi áp dụng quy định mới.
Kết luận
Hoàn thuế GTGT trong giai đoạn này không chỉ là vấn đề kiểm tra từng hóa đơn riêng lẻ mà đã trở thành một quy trình quản lý trên dữ liệu, phân loại và đánh giá rủi ro. Tuy nhiên, việc áp dụng quản lý rủi ro cần phải được đặt trong giới hạn của pháp luật.
Đối với doanh nghiệp, cần có đầy đủ hồ sơ chứng từ chứng minh giao dịch thực tế và đảm bảo sự thống nhất giữa hợp đồng, hóa đơn, thanh toán, giao nhận, kế toán và kê khai thuế.
Đối với cơ quan thuế cần phải đánh giá rủi ro đúng phạm vi, không chỉ vì một hóa đơn mà kiểm tra xác định cả bộ hồ sơ có vấn đề hoặc một nhà cung cấp có rủi ro mà kết luận giao dịch của doanh nghiệp là sai quy định pháp luật.
Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/09/2026 có vai trò quan trọng trong việc hướng dẫn cách xử lý, đặc biệt là giữa rủi ro và vi phạm, phần tiền có rủi ro và phần tiền đủ điều kiện hoàn, rủi ro của người bán và nghĩa vụ thuế của người mua.
